Las dos dan un panorama general de cualquier sitio y se complementan, los resultados son diferentes, por ejemplo, en el número de páginas indexadas porque el mismo Google da resultados diferentes. Va a pasar con todas las herramientas.

Hace un site:chicaseo.com en google.com y luego google.es y seguramente los datos no coincidan.

Estas herramientas no sirven para mucho más que tener un panorama general, lo bueno de Emezeta Rank es que está en español y explica qué es cada cosa dando consejos.

La mejor herramienta es uno mismo analizando el código y siguiendo las Directrices para webmasters y los consejos SEO de Google (pdf). Luego las Herramientas para Webmaster ya proporcionan un “estado” del sitio que indicará cómo marchan las cosas y con Google Analytics obtendremos mucha más información

Hay más herramientas específicas, como Site Explorer de Yahoo!, XinuReturns y todas las que sirven para analizar a la competencia, pero la pregunta no pasaba por ahí.

Saludos